На южной стороне устья Колумбии они построили форт Клэтсоп, где капитаны провели долгую сырую зиму, составляя описания природы и индейцев, а также карту. В марте 1806 года они отправились в обратный путь и провели месяц у племени нез-персе, ожидая, пока растает снег в Скалистых горах. Перейдя через горы, Льюис и Кларк разделились. Льюис исследовал реку Мариас на территории нынешней Монтаны, а Кларк отправился вниз по реке Йеллоустон. Во время своего путешествия Льюис и его люди столкнулись с группой индейцев блэкфут, которые пытались украсть их лошадей. Во время единственной настоящей стычки Льюис и его люди убили двух индейцев, и им посчастливилось спастись.

Воссоединившись в Северной Дакоте, капитаны вновь посетили деревни манданов, где они зимовали в 1804-1805 годах. Они оставили Сакагавею с мужем и ребенком у манданов и быстро двинулись вниз по Миссури к Сент-Луису, куда прибыли 23 сентября 1806 года. С того момента, как они первоначально отправились из Сент-Луиса, они отсутствовали два года и четыре месяца. Почти все считали их пропавшими без вести, кроме Джефферсона.

Экспедиция Льюиса и Кларка была величайшим исследовательским приключением в истории Америки. Но это было не только так. Помимо открытия империи по торговле пушниной на Западе и укрепления притязаний Америки на страну Орегон, исследователи привезли с собой богатую научную информацию. Они открыли и описали 178 новых растений и 122 вида и подвида животных. Систематически записывая все увиденное, они внедрили новые подходы к исследованиям, которые повлияли на все последующие экспедиции. Их замечательные дневники оказали влияние на все последующие работы, посвященные американскому Западу.

Однако, к сожалению, исследователи так и не смогли подготовить свои рукописи к публикации. Льюис, назначенный губернатором Луизианской территории, занялся созданием меховой компании и другими схемами обогащения и, судя по всему, начал сильно пить, принимать наркотики и влезать в долги. Он был в такой глубокой депрессии, что во время поездки из Сент-Луиса в Вашингтон в 1809 году покончил с собой. Ему было тридцать пять лет.

Кларк попытался собрать материал и уговорил Николаса Биддла, молодого филадельфийца, редактировать дневники. В 1814 году Биддл, будущий президент Второго банка Соединенных Штатов, опубликовал рассказ о путешествии, в котором опустил большую часть материалов о флоре и фауне. Поскольку "История экспедиции под командованием капитанов Льюиса и Кларка" Биддла в течение последующих девяноста лет оставалась единственным печатным отчетом об экспедиции, основанным на дневниках, Льюис и Кларк не получили признания за большинство своих открытий в природе. Другие люди переименовали растения, животных, птиц и реки, которые они обнаружили и назвали, и именно эти более поздние названия, а не Льюиса и Кларка, дошли до наших дней.56

Одним из тех, кто надеялся извлечь выгоду из экспедиции, был торговец пушниной и бизнесмен Джон Джейкоб Астор. В 1808 году Астор основал трансконтинентальную пушную компанию, целью которой был контроль над всей индейской торговлей с Северо-Запада. Он проложил маршруты из штата Нью-Йорк через Великие озера, вверх по реке Миссури и через Скалистые горы к северо-западному пункту на берегу Тихого океана. Он назвал этот пункт Асторией, и в 1811 году он стал первым американским поселением в стране Орегон. Хотя конфликт с Великобританией, вылившийся в войну 1812 года, разрушил многие планы Астора, его предприятия помогли сохранить американские интересы на Северо-Западе, в то время как сам Астор обратил свое внимание на нью-йоркскую недвижимость.

После того как экспедиция Льюиса и Кларка исследовала северо-запад, оставалось изучить юго-запад континента, хотя большая его часть была испанской территорией. Несколько американских экспедиций в 1804 и 1805 годах искали неуловимый исток Красной реки и создали проблемы с испанцами. Исследовав в 1805 году Миссисипи до ее истоков, лейтенант Зебулон Пайк в 1806 году возглавил экспедицию вверх по реке Арканзас на территорию современного Колорадо. Пайк пытался, но не смог достичь вершины в четырнадцать тысяч футов, которая носит его имя. В конце концов его отряд был захвачен испанскими войсками и доставлен в Санта-Фе, а затем в Чиуауа в Мексике, после чего под охраной был отправлен через Мексику к американскому пограничному посту в Натчиточесе, расположенному в северо-западной части современной Луизианы.57

Поскольку экспедиции Пайка были заказаны генералом Джеймсом Уилкинсоном, губернатором Луизианской территории и главнокомандующим армией Соединенных Штатов, слава Пайка была запятнана репутацией Уилкинсона, склонного к интригам и сомнительным сделкам. Действительно, границы новой территории Луизиана были настолько расплывчаты, власть Испании над Восточной и Западной Флоридой и Техасом была настолько слаба, а грубые и непокорные жители приграничья были настолько очарованы мечтами о неизбежной экспансии Америки, что по всему Орлеану и Юго-Западу процветали авантюристы, филистерские экспедиции и слухи о заговорах и заговорах.

Самым грандиозным из этих планов был план 1806-1807 годов с участием Аарона Берра, бывшего вице-президента Джефферсона, и генерала Уилкинсона. Участие Уилкинсона объяснимо: он был известным интриганом и заговорщиком и, по слухам, верно, находился на службе у испанского правительства. Поразительно участие Бурра, которое вот уже более двухсот лет поражает воображение американцев. Действительно, Берр стал самым романтизированным и очерненным историческим персонажем в американской литературе. Он стал темой бесчисленных стихов, песен, проповедей и полувымышленных популярных биографий, а также центральной фигурой почти трех десятков пьес и более четырех десятков романов. Однако, несмотря на всю его суету и интриги, сомнительно, что Бёрр когда-нибудь стал бы участником своих таинственных приключений на Западе, если бы он не отстранился от администрации Джефферсона и не убил на дуэли Александра Гамильтона.

Своим пассивным поведением во время избирательного тупика в 1801 году вице-президент Бурр сразу же вызвал сомнения в его лояльности администрации Джефферсона. Джефферсон не спрашивал его мнения о назначениях в кабинет министров и вместо этого обратился за советом к губернатору Нью-Йорка Джорджу Клинтону, а затем назначил на должности нескольких сторонников Бурра. Берр, в свою очередь, начал защищать политику федералистов и, к неудовольствию лидеров республиканцев, даже принял участие в праздновании дня рождения Вашингтона, организованном федералистами.

По мере того как связи Бурра с администрацией ослабевали, республиканцы в Нью-Йорке разделились между Бурритами и сторонниками губернатора Клинтона и его племянника ДеВитта Клинтона. В 1802 году ведущий республиканский журналист штата Джеймс Читэм, перешедший на сторону клинтонианцев, обвинил Бурра в попустительстве с целью получить президентский пост для себя на выборах 1800 года. Эти обвинения оказали разрушительное воздействие на репутацию Берра среди республиканцев во всем мире. К 1804 году республиканская фракция в Конгрессе не дала ему ни одного голоса в качестве кандидата в вице-президенты и заменила его